อุทยานแห่งชาติมุกดาหาร มีพื้นที่ครอบคลุมอยู่ในท้องที่อำเภอเมืองและอำเภอดอนตาล จังหวัดมุกดาหาร มีสภาพป่าที่สมบูรณ์ มีป่าเต็งรัง บริเวณลานหินหรือภูเขาหิน และในฤดูฝนต่อฤดูหนาวจะเต็มไปด้วยไม้ดอกงดงามนานาชนิด ป่าเบญจพรรณบริเวณหุบเขา ปรากฏเอกลักษณ์ทางธรรมชาติที่สวยงาม หินมีลักษณะและรูปทรงแปลกๆ ถ้ำที่มีหลักฐานทางประวัติศาสตร์ น้ำตกและน้ำซึมตลอดปี ตลอดจนมีสัตว์ป่านานาชนิด

ภูมโนรมย์
อยู่ห่างจากตัวเมืองมุกดาหารประมาณ 5 กิโลเมตร ไปตามเส้นทางมุกดาหาร-ดอนตาล ทางหลวงหมายเลข 2034 ประมาณ 2 กิโลเมตร แล้วมีทางแยกขวามือเป็นทางลูกรังอีกประมาณ 3 กิโลเมตร นำรถไปจอดที่เชิงเขาและเดินขึ้นไปบนยอดเขาซึ่งมีศาลาที่พักและรอยพระพุทธบาทจำลองลึก 1 เมตร เมื่ออยู่บนยอดเขาจะมองเห็นทิวทัศน์ของเมืองมุกดาหาร แม่น้ำโขง และแขวงสวันเขตของประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว

ภูนางหงษ์
อยู่บนเส้นทางที่จะเข้าไปภูผาเทิบ โดยใช้เส้นทางหมายเลข 2034 จากตัวเมืองมุกดาหารไปประมาณ 14-15 กิโลเมตร มีทางแยกขวามือเข้าที่ทำการอุทยานแห่งชาติมุกดาหารและภูผาเทิบอีก 2 กิโลเมตร ทางเข้าไปสะดวกเข้าไปได้ทุกฤดูกาล ก่อนถึงที่ทำการอุทยานประมาณ 500 เมตร จะมีทางลูกรังแยกซ้ายมือเข้าไปภูนางหงษ์ ลักษณะทั่วไปเป็นลานหินสลับป่าแคระ มีหินธรรมชาติรูปร่างต่างๆ วางทับซ้อนกันอยู่เป็นกลุ่มมีสีสันแตกต่างกันไป เรียงรายอยู่ล้อมรอบหินรูปหงส์ขนาดใหญ่

ภูผาเทิบ
อยู่ในเขตตำบลนาสีนวน บริเวณที่ทำการอุทยาน ห่างจากตัวอำเภอเมืองประมาณ 17 กิโลเมตร บนเส้นทางสายมุกดาหาร-ดอนตาล ระหว่างกิโลเมตรที่ 14-15 เลี้ยวขวาเข้าไปอีก 2 กิโลเมตร มีเนื้อที่ทั้งสิ้น 5.2 ตารางกิโลเมตร ลักษณะโดยทั่วไปเป็นกลุ่มหินรูปทรงหลายแบบวางซ้อนทับกันคล้ายกันเพิงผาที่กันแดดกันลมได้ ซึ่งภาษาท้องถิ่นเรียกลักษณะเช่นนี้ว่า "เทิบ" บางอันมีรูปร่างคล้ายร่ม เห็ดขนาดใหญ่ ไอพ่น มงกุฎ ดอกบัวบาน รองเท้าบู๊ท เก๋งจีน สถูป และจานบิน เป็นต้น สันนิษฐานว่าบริเวณกลุ่มหินนี้แต่ก่อนคงปกคลุมด้วยดิน เป็นภูเขาดิน ต่อมาถูกฝน ลมกัดเซาะพังทลายลงเรื่อย จึงมองเห็นหินโผล่ขึ้นมาเป็นกลุ่มก้อน บนภูผาเทิบอากาศเย็นสบาย ในแต่ละฤดูจะมีดอกไม้ผลัดเปลี่ยนกันออกดอกตามฤดูกาล เพิ่มความงามให้กับภูผาเทิบอีกมาก ซึ่งมีทั้งดอกไม้ที่ขึ้นอยู่ตามซอกหินผา เช่น เอนอ้า เทียนหิน หรือดุสิตา และดอกกล้วยไม้ประเภทช้างน้าว ตาลเหลือง เป็นต้น

ลานมุจลินท์
อยู่บนภูผาเทิบ เป็นลานหินเรียบที่ทอดยาวไกลไปทางทิศตะวันตกประมาณ 1,200 เมตร บนลานมีร่องน้ำเล็กๆ มากมายเกิดจากการกัดเซาะของน้ำฝนไหลรวมตัวกันสู่แอ่งน้ำกว้าง เรียกว่า วังเดือนห้า บนลานหินได้มีการค้นพบกระดูกสัตว์โบราณ อายุไม่ต่ำกว่า 250 ล้านปีอยู่ 2 จุด ห่างกันประมาณ 500 เมตร ซึ่งนักธรณีวิทยาและนักโบราณคดีสันนิษฐานว่า เป็นบริเวณที่เคยอยู่ใต้น้ำมาก่อน เมื่อยืนอยู่กลางลานมองไปทางทิศตะวันออก จะสามารถมองเห็นวิวทิวทัศน์อันงดงามของทิวเขาประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว และแม่น้ำโขงได้อย่างชัดเจน

ภูถ้ำพระ
เป็นภูเขาลูกใหญ่ที่สุดในอุทยานแห่งชาติมุกดาหาร อยู่ในระดับความสูง 300-400 เมตร มีที่ราบกว้างใหญ่อยู่หลังเขา ส่วนใหญ่เป็นป่าเต็งรัง และป่าเบญจพรรณที่ยังอยู่ในสภาพสมบูรณ์ จึงทำให้เป็นแหล่งกำเนิดต้นน้ำ ลำธาร และแหล่งน้ำซับ

บริเวณด้านหน้าของภูถ้ำพระมีน้ำตกไหลผ่าน ภายในถ้ำในสมัยก่อนเคยเป็นที่อยู่ของพระภิกษุและมีพระพุทธรูปปางต่างๆ ที่เป็นทองคำ เงิน ไม้ แก้ว มากมาย แต่ได้ถูกขโมยสูญหายไปหมด ปัจจุบันเหลือเพียงพระพุทธรูปขนาดหน้าตักกว้าง 3 ฟุต พระพุทธรูปไม้อีกหลายร้อยองค์และรูปปั้นรูปสัตว์ต่างๆ